内阁首辅方从哲昨日午后启奏万历皇帝，请求阁臣和七卿同去国子监听取大辩论总结陈词，万历皇帝准了，所以今日一早方从哲就派人通知六部衙门及都察院的堂官同赴国子监——
大明官制，以六部尚书和都察院左右都御史为七卿，而时下的北京六部只有吏部尚书郑继之和刑部尚书李鋕是正职堂官，其余四部都是由侍郎代署，都察院也缺左都御史，由右都御史张问达掌院事，这七位大臣接到方从哲的通知皆感诧异：方阁老不是对徐光启、张原等人绕过内阁举行大辩论很恼火吗，怎么竟要六部七卿都去听取辩论？
张原起先也感到奇怪，方从哲应该知道沈榷一方已经辩论失败，方从哲怎么还会大张旗鼓让这些大臣来旁听，方从哲想干什么？随即就明白方从哲的用意了，心下微微一叹。
彝伦堂上，皇太子朱常洛端坐在太祖敕谕下，六部七卿、詹事府、翰林院、国子监的官员分列左右，除了万历皇帝不在此间，大明朝的实权人物几乎都到齐了，国子监祭酒朱国祯向皇太子禀报了前日辩论的情况，又禀明莲池大师已圆寂、刘宗周留书一封退出了今日的辩论总结已经启程回江南——
大辩论主张严禁天主教的沈榷一方四人现在只剩两人了，沈榷禀道：“太子殿下，前日第二场辩罢，修撰张原与刘宗周一路同行密谈，刘宗周退出辩论定是张原从中作梗。”刘宗周在这次辩论中没起到应有的作用，今又中途退出，这让沈榷很不满。
张原不客气道：“启龠东先生是沈侍郎从绍兴请来的，现在离京，沈侍郎竟不知其中缘故，却妄加猜测，实为可笑。”
皇太子朱常洛道：“刘宗周不是留有书信吗，信里怎么说？”
沈榷恨恨地瞪着张原，向皇太子禀道：“刘宗周信里说时事日非、斯道阻丧，他做不了济世之臣就做弘道之儒，这岂不是这次辩论中歪理邪说嚣张横行让他极为失望才愤然离京？”
李之藻道：“辩论由东宫主持，尚未有定论，刘宗周中途离去是无人臣之礼，枉称名儒。”
朱常洛知道这些大臣们争论起来没完没了的，说道：“今日是辩论总结，你们双方各自陈词吧，徐赞善先说。”
徐光启便将十五、十六两日己方的辩论观点和论据简明扼要地陈述了一遍，沈榷随后也把他们一方的观点和论据当众陈述，张原听出其中有些论据是沈榷新加出来的，当即提出异议，要求调出文吏的笔录印证——
方从哲开口了：“张修撰何必这么斤斤计较，今日是辩论总结陈词，稍加补充也未尝不可，现在双方已经各抒己见，就由翰林院、詹事府诸官评论双方得失吧。”
詹事府少詹事钱龙锡向皇太子禀道：“容臣与詹事府同僚商议后再来评论。”
翰林院侍读学士郭淐也提出同样要求，得到皇太子准许后，詹事府和翰林院的三十名官员便退出彝伦堂，到东边国子监祭酒办公之所商议去了，彝伦堂上众官则静静等候，祭酒朱国祯请皇太子和皇长孙到后堂小憩，大约过了三刻时，詹事府和翰林院诸位官员回到了彝伦堂上，皇太子也重新归座。
郭淐年长，钱龙锡让郭淐先发表评论，郭淐说了一大通先贤高论，最后的评语果然不出张原所料，依然偏向于沈榷一方，但措词较温和，认为西人良善博学者也可为大明效力，不必一律驱逐。
钱龙锡观点与郭淐相近，也是一种折衷的态度，徐光启、李之藻以及龙华民那四位传教士明显有些失落，前两日的辩论分明是他们这一方占了上风，但这些评判的官员还是偏向沈榷，不免让他们感到沮丧——
但张原对这个结果并未感到有多么意外，晚明保守势力极其强大，李自成都快攻到北京城了，朝廷官员还在为是否迁都南京争论不休，而现在是万历四十四年冬，奴尔哈赤尚未发布“七大恨”进攻大明、出生于万历三十四年的李自成和张献忠这一对同龄人还在陕西放羊，大明朝虽有天灾人祸，但在大多数臣民看来，这还是盛世，并没有多少危机感，盲目自大是普遍的心态，张原并不能凭一场辩论就能改变这种局面——
而方从哲亲临国子监就是给翰林院、詹事府这些官员施加压力，因为方从哲早已表明是支持沈榷的，这些官员哪里会为了徐光启和张原而忤了首辅方从哲的心意，若不是徐光启、张原在辩论中占了上风，评判官员们的措词还不会这么温和，肯定完全倒向沈榷一方——
方从哲瞥了徐光启、张原等人一眼，微微一笑，心道：“在朝中说话凭的是地位和实力，能言善辩、巧舌如簧又有何用。”向皇太子朱常洛施礼道：“太子殿下，这场辩论至此为止吧，臣以为这种辩论除了扰乱人心之外，于国家政事毫无补益，以后万万不要再举行这种无谓的辩论了。”
方从哲想三言两语就把这次辩论的影响抹掉，要照常施行沈榷禁止天主教的主张，徐光启、张原诸人当然要力争，徐光启道：“前两日的辩论，于格物穷理、兴利除害皆有探讨，怎能说毫无补益。”
皇太子朱常洛对讲官徐光启是颇为敬重的，问道：“那徐赞善通过这次辩论想要在朝政上有哪些革新？”
徐光启道：“臣有三点建议：一，释放王丰肃等教士和教民，将南京教堂交还给耶稣会士；二，由礼部开设历局，参照西洋历重修历法；三，翰林院设译书局，由儒臣和西洋陪臣翻译西洋历算、地理、医药、农田、水利书籍，补我大明之缺。”
方从哲道：“王丰肃、谢务禄煽惑教众、企图谋反，绝不能姑息，至于历法，西洋历法绝用不得，我大明岂无郭守敬那样的人才，钦天监自会吸纳懂历法的贤才修历，何须西洋人参与，翻译西洋书籍更属无谓，我大明农书有《齐民要术》、医书有《本草纲目》，比之海外偏远的西人书籍岂非更适用。”
张原道：“《齐民要术》成书于北魏，距今一千多年，方阁老还认为适用于时下的大明？”
方从哲冷冷道：“为何不适用，难道西洋的学问就适用吗？”
张原道：“徐赞善正编纂《农政全书》，是针对我大明近年旱涝频繁而作的，参考了北魏《齐民要术》、元代的《农书》，去芜存菁，着重论述备荒救灾，当然也引用了《泰西水法》这类书籍，方阁老认为这种书有编纂的必要否？”
张原问话的口气似乎很恭敬，但方从哲听得出其中的讥讽，一个六品修撰竟敢这么对他说话，是想在翰林院一直待着吗，说道：“编纂农书那是徐赞善的事，推行利农政令是朝廷的事，互不相干。”言下之意是张原在万言廷策里提到的徐光启《甘薯疏》休想推行下去。
这一刻，张原很想把方从哲揍一顿，堂堂首辅不论是非、只看喜恶，这样的国家还能治理得好！
太监王安向皇太子朱常洛耳语几句，朱常洛便发话道：“辩论至此为止，记录的书吏三日内把辩论记录整理誊真呈交御览，沈侍郎、徐赞善各上一道奏疏，表明各自观点，是否禁教、修历、开译局，由皇帝独断。”说罢，便命启驾回慈庆宫。
方从哲看也不看张原一眼，很快就离开了国子监。
吴道南方才一直没说话，他不能为了这辩论之事在皇太子面前与首辅起争执，这时把张原叫过来道：“你真是少年气盛，何必与方阁老当面力争！”
张原道：“吴阁老，学生不能因为方阁老的喜恶而随意改变自己的观点呀。”心道：“我现在阿谀方从哲也没用了，大辩论绕过内阁，方阁老已视我为敌，还不如旗帜鲜明地坚持自己，方从哲这首辅难道还能当十年、八年吗！”
……
翌日，徐光启写好奏疏，傍晚时到李阁老胡同来见张原，张原对奏疏进行了一些补充，十一月二十日，徐光启把奏疏呈递上去，沈榷的奏疏也送到了内阁直房——
方从哲、吴道南这两位阁臣现在关系有些怪异，表面上依然和气，但已经没有真心话讲，一般的奏疏票拟吴道南还是会顺从方从哲的意思，但徐光启和沈榷的奏疏，吴道南没有在方从哲的票拟后署名，表示他不认可，还专门写了一道奏疏表明自己的意见——
方从哲沉着脸，让司礼监内侍把徐、沈二人的奏疏还有国子监书吏整理的一册“辩论纪要”送交御览，同时也写了一道奏疏，他要向皇帝辞职，这首辅他干不了啦，方从哲这是以退为进，逼迫万历皇帝表态，内阁现在这样子已经无法正常履行职责，方从哲自信在万历皇帝心目中的地位高于吴道南。