马存亮，字季明，河中人，贤宦。唐宪宗时，马存亮累官左神策军副使、左监门卫将军，知内侍省事，进左神策中尉，他精明强干，裁选军属得当。在平定染署工匠张韶的事变中功居第一，此后避权外出，任淮南监军，又入朝任内飞龙使，与权宦王守澄力争，使宰相宋申锡之家免遭屠戮。唐文宗时，以右领军卫上将军之衔致仕，封岐国公，历仕六朝，以忠谨着称，去世时年六十三，获赠扬州大都督。
马存亮，历经升迁，担任左神策军副使，升任云麾将军、左监门卫将军、知内侍省事兼左街功德使，再晋升为左神策军中尉。当时，在籍军人计有十多万人，马存亮选用人才，使军中没有无用之人、部属中没有多余的官员。
唐敬宗即位后，马存亮为宦官吐突承璀辩护，认为他虽然犯有过失，但不该被杀，敬宗于是下诏，为吐突承璀平反，并令其养子吐突士晔将他以礼收葬。染署工匠张韶每次把染材运送到宫中时，卫士都不加盘问，而占卜者苏玄明则借机鼓动张韶叛乱。
张韶暗中纠结众工匠一百多人，把兵器藏在紫草车中，运入右银台门，约定在傍晚发动变乱。有人前来盘问，张韶以为阴谋泄露，于是将其杀死，将浴堂门关闭，提前起事。当时，敬宗在清思殿击球，闻讯大惊，在随从的劝说下，前往了马存亮掌管的左神策军。起初，敬宗宠爱右神策护军中尉梁守谦，每次亲临观看左、右神策两军的表演，往往希望右神策军获胜，左神策军因此心怀怨恨。
马存亮出来迎接，捧着敬宗的脚哭泣，把敬宗背进左神策军，并派五百骑兵前去迎接郭太皇太后、王太后。等两位太后来到时，贼人已经砍开门，进了清思殿，马存亮派左神策大将军康艺全、右神策大将军康志睦及将军何文哲等率领骑兵讨伐叛军，日暮时分，神策军将张韶和苏玄明射杀。
在叛军进宫时，宦官由望仙门仓促出逃，朝廷内外都不知道敬宗去往何处。黎明时分，左、右神策军捉住所有的乱党，肃清内宫，敬宗乘车返回。群臣前往延英殿觐见敬宗，但前来的人不到十分之一二，因没有禁止叛军进宫而得罪的有数十人，按法当死，因马存亮之请，敬宗仅对三十五人施以杖刑，随后论功，敬宗赏赐马存亮实封食邑二百户。马存亮在平定事变的过程中，功劳最高，他却不愿意因此得权，请求出任淮南监军使，后入朝任职，被授为内飞龙使。
唐文宗与宰相宋申锡密议诛除宦官，此事却被神策中尉王守澄及其党郑注得知。郑注令神策都虞候豆卢着诬告宋申锡谋立文宗之弟、漳王李凑，文宗信以为真，大为恼怒。王守澄随即要派两百骑兵屠灭宋申锡全家，马存亮与王守澄一同觐见文宗，争执道：“现在谋反的人只有宋申锡，为何不召集宰相一起商议此事。如今突然这样做，京城肯定大乱！”王守澄这才作罢。宋申锡经朝臣解救，最终被贬为开州司马，马存亮因自己无法为他辩冤，即日请求致仕，获准以开府仪同三司、右领军卫上将军之衔辞官，归居于长安永嘉里的私宅，获封岐国公。
马存亮去世，享年六十三岁，被追赠为扬州大都督，葬于京兆灞陵附近。马存亮历仕六朝，以忠谨着称。唐宪宗时，任左神策中尉，他精明强干，裁选军属得当。在平定染署工匠张韶的事变中，马存亮功居第一。唐文宗时，与权宦王守澄力争，使宰相宋申锡之家免遭屠戮，对稳定时局起了一定的作用。