如果仅仅是抗蒙，当下霹雳军海军舰队已经足够用了。毕竟游牧部落不擅水战甚至不会游泳，而其附庸蒙古汉军和高丽水军又被霹雳军死死压制。刘整降蒙之后，向获忽必烈建言大力发展水军，但蒙军水军只能在两淮的内河航道上航行，以配合步骑兵作战。由于河道的原因，也因为造船技术的限制，其船只绝大部分为小型船只，中大型船只很少。虽然在刘整沤心沥血的努力下，蒙军水军已有了上千艘船只，水兵有二万余人，甚至仿制了几十艘火炮战船，但根本不敢驶向大海。即便有蒙军战船能逃过宋军沿海制置司的打击，也会被霹雳军战舰歼灭。
战胜并驱逐蒙古是应有之义，但欧阳轩志不仅在于此。对他来说，霹雳军的最终目标是远方辽阔而富饶的土地，而强大的海军便是实现这一目标的前提。霹雳军三支舰队虽然有一百艘主力战舰，但控制南洋和锡兰已是极限。如果要前往西洋的波斯和大食，必然会遇到强力的挑战。在大食的西方，有许多以海上贸易和海权立国的海上强国，如拜占庭和威尼斯、热那亚人。他们不仅航海技术先进，有的还拥有让人闻风丧胆的希腊火等海战利器。更重要的是，这些海上民族也极擅于学习。随着技术的扩散，他们也必然仿制火炮战船。届时，远道而去的霹雳军舰队将不再有绝对的优势。
虽然相比驱逐鞑虏，远洋开拓并不是当务之急，但欧阳轩仍然决定将部分资源投入了海军建设之中。海军的建设极为艰难，有“百年海军”之说。霹雳军的舰队之所以快速崛起，除了因为有从川西带到流求的水军作为种子部队之外，一方面是因为火炮战船对冷兵器战船的碾压性优势，另一方面是财力充沛，购买了大量船只进行改装，还招募了大量的水手。只不过随着时间的推移，民船改造而来的战舰缺点，慢慢凸现出来了——船速不快、船体强度差，抗风浪性差、转向能力差......
以上缺点使得霹雳军舰队的远洋能力大大下降。每次远航，都有战船破损或掉队，不得不靠岸维修或返航。新大陆运回的金银已成为霹雳军最重要的财源，每次为了安全运回这些财物，余柱都要亲自督促挑选船只。原因无它，流求适合前往万里之遥新大陆的船只其实不多，护航的战舰更是难觅。欧阳轩此时提出海军建设，除了解决这些问题外，也是未雨绸缪，为未来大规模的海外事业做准备。按照计划，霹雳军今后应该至少有六支舰队，每支舰队的应有大中型主力战舰一百艘，也就意味着海军要扩军四倍以上。
按照欧阳轩的想法，未来霹雳军将建设北海、东海、南海三支近海舰队和西洋、新大陆西岸、新大陆东岸三支远洋舰队。北海舰队驻地为济州岛，活动海域为北方汉地、高丽、倭国周边海域及北方的白海；东海舰队驻地为流求，活动海域为舟山以南至琼州海域；南海舰队驻地为星岛，活动海域为整个南洋地区；西洋舰队的驻地为锡兰，其活动区域包括天竺、波斯、大食及更西方的海域；新大陆西岸舰队驻地在新蜀州，活动区域为野牛大陆和羊驼大陆西海岸；新大陆东岸舰队驻地在地峡东部，距离地峡西部的新蜀州的陆上直线距离约两百里地。欧阳轩知道，当下根本没有能力开凿连通太平洋与大西洋的地峡运河，而舰队要从太平洋到达大西洋，必须要绕过羊驼大陆南端，不仅路程有万里之遥，且风急浪恶。要到达大西洋并探索新大陆东岸，最便捷的方法便是地峡东部修建城市、港口、造船厂，并新建一支舰队。
海军建设最主要的投入便是建造战舰。当下霹雳军战舰种类多，型号繁杂，结构也不相同，这不仅给战术阵形带来不便，也给维修、保养和补给都带来诸多麻烦。按照总参谋部会同流求都督府制定的《海军发展纲要》，每支舰队应有各型战舰和运输船及辅助船只。战舰分为火炮战船、爆破船、火战船等舰只，运输船则有粮食补给船、淡水补给船、弹药补给船、运兵船、运马船。辅助船只则有侦察船、工程船、医疗船、通讯船、维修船....
火炮战船是舰队的核心战力。流求的造船厂在充分吸取大食、波斯和天竺战船优点的基础之下，研制出了大中小三种新型主力战舰，分别命名为崇庆府级、邛州级、大邑级的火炮战舰。崇庆府级战舰排水量八百吨，装备火炮六十门，配备水兵四百人；邛州级排水量六百吨，装备火炮四十门，配备水兵三百人；大邑级排水量四百吨装备火炮二十门，配备水兵二百人。按照《纲要》的造舰计划，每支舰队将装备五艘崇庆府级、二十艘邛州级和四十艘大邑级火炮战船。除了这六十五艘主力战舰外，舰队还将配套运输船和辅助船只。
水兵素质决定着舰队的战力。霹雳军光复巴蜀之后，水军的作用便大幅度下降。沿海制置司侵犯流求失败之后，临安朝廷被迫对霹雳军开放了长江航道。为了节省军费开支，也是为了临安表明无顺水而下之意，霹雳军将巴蜀的四个水军团裁撤了三个，仅保留了战力最强的原第三师水军团。裁撤的上千艘船只在拆除火炮后，转为民用。四千五百名水兵除少数老弱外留在巴蜀之后，其余尽皆乘坐商船，分批前往流求，加入了海军序列。这些久经战阵的水手虽然没有大海航行的经验，但水上经验十分丰富。在流求的航海学校经过学习，再到海上经过数月的适应训练之后，便能成精锐海军水兵。
“兵马未动，粮草先行”，后勤补给影响着海军的投送能力和战力。虽然霹雳军舰队现在有大量的运输船和补给船，战时也能征调商船随同出征，但却不足以支撑远洋作战。一支舰队足有一万五千人，每日仅需要食水便是个巨大数字，如果发生激烈战事，弹药也会很快耗光。在茫茫大海上长时间行驶，遇到风暴折损船只是常有之事，水手也会因疲劳而患病或发生疫病。虽然舰队配有医疗船和维修船，但限于条件这些都是临时应急之举。如果要对船只进行大修和让水手彻底康复，还得到条件更好的陆上。
为了解决这个问题，《纲要》提出了军港和海军补给站建设计划。除了济洲、流求、琼州、交趾、星岛、锡兰等核心岛屿的港口建设以外，霹雳军将重点建设前往野牛大陆、地峡省、羊驼大陆、袋鼠大陆及前往天竺、波斯、大食的据点。这些据点将是军民两用，标准配置为港口、仓库、货栈及保护这些设施的堡垒、了望塔等防御设施。