自惠芝郡主身世之谜渐渐浮出水面，小山村中的气氛也变得愈发凝重起来。神医侠女与娇兰也都心事重重，他们深知，惠芝的身世牵扯出的或许是一段不为人知的过往，甚至可能会给他们平静的生活带来巨大的波澜。
经过多日的调查与探寻，神医侠女发现了一些蛛丝马迹。原来，惠芝郡主并非普通人家的孩子，她的父亲竟是当今圣上的胞弟——靖王爷。当年，宫廷之中风云变幻，靖王爷因被奸人陷害，卷入了一场谋逆大案之中。靖王爷害怕一家遭受牵连，然而，靖王妃就将尚在襁褓之中的你（惠芝）带出了府，来到了寺庙烧香，祈求佛祖保佑王爷府能平安度过，便一路抱着你（惠芝），最终在回府的路上马车受惊颠簸，王妃跟当时襁褓中的婴孩一同摔出马车，婴孩掉落在河里连花叶上，王妃不便知所踪。
只是，那王妃后来因伤势过重失去记忆，而惠芝则被神医侠女收养。由于时间过去太久，当年的事情渐渐被人遗忘，惠芝也跟着师傅在药房中平安长大。
神医侠女将这一切告知惠芝和娇兰时，惠芝泪流满面，她从未想过自己的身世竟如此坎坷。娇兰则紧紧地握住惠芝的手，给予她安慰和支持。
“师傅，那如今我们该如何是好？”娇兰问道。
神医侠女沉思片刻后说道：“惠芝的身世事关重大，我们必须小心行事。既然真相已经渐渐明朗，我们应当想办法为靖王爷洗清冤屈，还他一个公道。”
惠芝擦去眼角的泪水，坚定地说道：“师傅，我愿意和您一起，无论付出什么代价，都要为父亲正名。”
于是，师徒三人开始着手准备。他们四处收集证据，寻找当年事件的证人。在这个过程中，他们遇到了重重困难和阻碍。
一些当年参与陷害靖王爷的人，得知惠芝还活着并且有人在调查当年的事情后，开始对他们展开了追杀。师徒三人在逃亡的过程中，多次险象环生。
有一次，他们在一间破庙中休息，却不料被一群黑衣人包围。黑衣人个个武艺高强，招招致命。神医侠女与娇兰奋力抵抗，护着惠芝。惠芝虽然医术精湛，但武艺却不精，在这场激战中，她只能躲在一旁，心中充满了恐惧和担忧。
“惠芝，别怕，师傅一定会保护你！”神医侠女大声说道。
娇兰也喊道：“师妹，你放心，有师姐在，不会让你受伤的！”
在师徒三人的共同努力下，他们终于杀出了重围。然而，他们也因此身负重伤。无奈之下，他们只能暂时躲进深山之中，一边养伤，一边继续谋划。
在深山里，惠芝凭借着自己精湛的医术，为师傅和师姐疗伤。经过一段时间的调养，他们的伤势逐渐好转。
“我们不能一直躲在这里，必须主动出击。”神医侠女说道。
娇兰点了点头：“师傅说得对，可是我们该从哪里入手呢？”
惠芝思索片刻后说道：“我记得父亲当年有一位挚友，或许他能知道一些真相。”
师徒三人决定去找这位挚友。经过一番周折，他们终于找到了他。这位挚友见到惠芝时，老泪纵横。
“没想到，靖王爷的女儿还活着。”他感慨道。
在他的帮助下，师徒三人得到了一些重要的线索和证据。原来，当年陷害靖王爷的人，正是当今圣上身边的宠臣——李尚书。李尚书为了争夺权力，设计陷害靖王爷，致使靖王爷一家遭受灭顶之灾。
有了这些证据，师徒三人决定进京面圣。他们历经千辛万苦，终于来到了京城。然而，京城戒备森严，他们想要面见圣上并非易事。
就在他们一筹莫展之时，惠芝想到了一个办法。她利用自己的医术，治好了一位朝廷重臣的顽疾。这位重臣为了报答她，答应帮他们引荐给圣上。
终于，师徒三人见到了圣上。惠芝将所有的证据呈给圣上，并讲述了自己的身世和遭遇。圣上听后，龙颜大怒，当即下令彻查此事。