以丰缘联盟为目标持续旅行的小智一行人在船上遇到了火箭队的袭击，皮卡丘的打雷过于强大，导致小智一行人也被炸飞了。
小智放出了巨沼怪、铁螯龙虾，小刚放出了莲叶童子，借助神奇宝贝的力量小智一行人在海面上支撑着，但一行人同时也在海面上迷失了方向。
这时海面上浮起红色的潜水艇小智一行人因为海浪来到了潜水艇上面
“说不定可以请这些人救我们。”
“这是火岩队的潜水艇，因为我感觉到火村的波导了，先把大家收回来。”
一行人把神奇宝贝收回精灵球
“火岩队！”
“竟然是他们的潜水艇。”
“我们的运气好像很糟。”
“运气真差。”
正好看到火村正在和部下谈论声呐有没有发现目标
蒂雅看到前方有一个耀眼的红色建筑物，几人觉得那就是火岩队的秘密基地
潜水艇带小智一行人进入其中
“第三行动队，巡逻任务已经完毕。”火村向一个红发中年汇报道
“火村你好像还带着客人回来。”赤焰松看着小智一行人说道
火村朝着赤焰松的视角看去:“小鬼，怎么又是你？这次连你的同伴也一起带来，老大，他就是之前破坏计划的小鬼。”
“火村好歹也认识挺长时间了，怎么不欢迎我？之前我记得招待你挺好的呀。”
火村回忆起之前面对小智的种种经历
火村咬牙切齿的说道:“你这个小鬼现在也只能逞口舌之快了。”
赤焰松打断火村的话说道:“原来你就是那个联盟最年轻的搜查官，真是年少有为啊，对了，忘了自我介绍我是火岩队的老大赤岩松。”
小智笑着说道:“原来你就是火岩队的老大，不过你的手下真是没用，在我这里就没得手过。”
赤岩松也笑着说道:“没想到你是个这么嚣张的小鬼，在我的基地里还能大放厥词，不过现在很忙，在计划结束之前你们就留在这里吧。”
小智这时又感受到泉美和渡的波导并心想:“一会儿先和渡会合然后一起解决问题。”
玛夏多去找渡告诉他小智的想法
“很抱歉，赤岩松大人不过这家伙手上的神奇宝贝都挺厉害的。”
“现在最重要的是关注水舰队的动向。”
“我想他们应该在前行这附近，目前莫斯岛附近还有没有发现他们。”
泉美打晕了看守盖欧卡的守卫，她进入盖欧卡关押的地方输入了密码放出了盖欧卡
赤焰松将小智一行人带到了他的办公室，以一种最终赢家的样子让小智他们坐下，这样更方便谈话。
周围都是火岩队的人还不是起冲突的时候于是就让四人也坐下。
火岩队的人给他们送上了水
小智给同伴们一个放心的眼神就拿起水杯喝了起来就算火岩队真下毒正好试试到底是常磐之力治的快还是毒发的快
小刚和蒂雅一口气全喝光了，小瑶和小胜也喝光了但被大狼犬瞪的有些后背发凉。
喝了发现只是富含矿物质的水，看来他们好像并没有把我们放在眼里
“你们应该对我们火岩队稍微有点了解，也知道了我们的最终目的吧。”赤焰松说道
小智一语道破:“和你们的死对头水舰队本质不是一样的吗？你们是想要得到固拉多，他们是想要盖欧卡。”
“我们火岩队是为了解开这个星球的谜题，创造更加美好的世界，水舰队那些只是流氓集团。。”
“说的比唱的还好听，真把自己当成大善人了。”蒂雅愤怒的说道
小智心想:“传说中的神奇宝贝，我这里有很多就陪你们玩玩。”
“传说中的神奇宝贝我们已经得到了，另外还得到了这个可以控制传说中神奇宝贝固拉多的靛蓝色宝珠”
小刚发现这和之前在湖底遗迹找到的珠子一样
“这个是假的，真的在我这，朱红色宝珠也在我这之前在釜炎镇火山口附近找到的。”小智用超能力传话道
“在古代固拉多为了拯救人们不再被洪水所祸害驱散雨云让火山喷发把大地推压开来，通过古拉多与之可以拥有无限力量的星球取得接触，这就是我们火岩队的目的，与我们为敌的水舰队在寻找有相反力量的盖欧卡，可盖欧卡早就被我们抓到了。”
“要是这样的话，他们抓住固拉多了，不然的话你还有闲工夫跟我们聊天？”
赤焰松说道:“没想到你这么厉害，可惜像你这样人才不能为我所有，我们双方都得到了不能控制的力量，所以为了交换彼此拥有的神奇宝贝现在正要前往相约会面的地点莫斯岛。”
赤焰松让火村把小智一行人关起来这个时候警报声响起，泉美弄醒了被火焰队弄睡着的盖欧卡
盖欧卡冲出基地引发了一阵骚乱
“这里是泉美一切正在按计划进行。”泉美用对讲机说道
“不愧是水舰队的首席作战队长行动真是快捷利落。”渡说道
“如果我没猜错，你不是火岩队的人。”
“固拉多在这里的话用朱红色宝珠也没法控制它，如果进入海里就有办法了。”
泉美换上潜水服潜入海里
“水舰队真是一个麻烦的组织，不过通讯器显示小智也在这里希望能平安。”
一阵爆炸蓝色珠子被爆炸的余波震飞，小智用超能力接住，然后立马放到背包里呼吁同伴们逃跑。
“超铁暴龙用岩石炮开路！”
超铁暴龙发出的岩石炮威力巨大，直接在墙壁上轰出了一个大口子。小智等人趁机逃出。火岩队众人忙于应付暴走的盖欧卡，一时无暇顾及他们。
“我们得赶紧去找渡先生。”小智边跑边说。就在此时，水舰队的船只出现在海平面上，泉美站在船头，身边是被暂时控制住的盖欧卡。
“小智，这边！”渡的声音传来，他正骑着快龙
“辛苦你们拿到蓝色宝珠，我们必须阻止火岩队和水舰队的交易。”渡严肃地说。
渡放出红色暴鲤龙一行人坐在暴鲤龙的背上前往梦斯岛。