黑白熊将人召集到雕像下，兔兔美明显是认识对方——追求{希望}与{绝望}的两只布偶开始了对阵，然后……
——黑白熊以碾压之势胜利，折断对方的魔法杖后将兔兔美的白色外表改成了穿着纸尿裤、半粉半白还有一只血色异瞳的{黑白熊同款}形象，并强行让对方扮演{黑白熊的妹妹黑白美}。
将走向扳回{正轨}，黑白熊如第一部一般，宣布了{班级审判}规则——这期间自然有运动擅长的学生试图反抗，但被黑白熊“召唤”出的机械怪物镇压。
次日，整理好心情的学生们聚集在餐厅，十神白夜说服了其他人，成为了班长。
【十神白夜：“放心吧，只要我当班长，就不会出现任何一个牺牲者。”】
十神白夜邀请日向创协助他。
“十神，意外地可靠啊……和第一部那个傲慢的样子完全不同了，”柯南摸摸下巴：“果然这是第一部之后的时间线？那么江之岛盾子现在应该是已经死了？”
晚上，黑白熊举办了晚会，向大家揭露了一个惊天秘密。
【黑白熊：“你们根本不是新生……只是失去了一起在校园生活的记忆而已！就是黑白美干的！”】
柯南虚起眼：“兔兔美居然没有否认啊……还以为又是黑白熊干的呢。”
【黑白熊：“而且啊，你们之中还混入了一个叛徒！明明是15个学生，上岛的却有16人……”】
——这也是定番操作了呢。
……
次日一早，十神宣布了要在没有摄像头的旧馆举办party——这个地点来自于狛枝凪斗的提议。
然后狛枝就抽签到了辛苦的打扫任务，食物方面自然是由{超高校级的厨师}花村辉辉负责——这是一个言论极其黄暴但不会真的伸手的小胖子。
夜晚很快到来，尽职尽责的班长十神，站在入口处检查了每个人的随身物品。
“我身上也没什么东西啊……嗯？这是什么？”柯南发现了被他遗忘在角落的宠物蛋：“什么时候孵出来的——啊！绝望度怎么就一半了？不过就是没冲马桶而已，不至于吧！”
日向创帮着十神排查完危险物品后，除了一根失踪的烤肉铁签没有其他发现，尖利的厨具也被全部收走了；然后十神派{超高校级的剑道家}去看守仓库那里的断路器，再加了一层保险。
“这样就算是我也想不到要怎么杀人了，”柯南满意地点点头：“除了拒绝参加的{超高校级的黑道}，其他人都在这里了。”
——但是意外还是发生了……party进行到一半，灯光陡然熄灭，一片混乱中，十神的声音传出：【你在做什么！住手！】
【狛枝凪斗：“好痛！”】
【花村辉辉：“大家都在哪儿？不只有厨房停电吗？”】
柯南抖擞起精神：“吆西，案件来了……是怎么造成的断电？是谁被杀了？”
灯光打开后，画面中不是柯南本以为会看见的尸体，而是……
“太羞耻啦！”他一下子远离了屏幕：“把女孩子摔倒露出裙底的图片放这么大，太过分啦！”
这个片段过后，发现十神不见的日向创，循着血的气味，发现了宴会桌下倒在血泊里的十神。
“啊？”柯南愣住了。
……
组织驻东京7号安全屋。
“终于步入正题了，”琴酒把烟掐灭：“不出意外的话，凶手应该就在提前进入{旧馆}的两个人中间——是那个笑嘻嘻的狛枝凪斗，还是厨师花村辉辉？”
“可是，那个狛枝凪斗是主角的{引导者}啊……”伏特加不理解：“他之前还说，非常喜欢这些有才能的同学呢。”
琴酒眯起眼睛：“这个白发少年的身上有黑比诺的影子。”
伏特加：……何以见得？
“而且，{超高校级的幸运}，自然应该是对他有利——可以提前进入犯罪现场准备，不就是对凶手最有利的事吗？”
“嘶……”伏特加倒吸一口凉气——可恶的套皮人们！世界就不能多一点真心吗！
……
一番调查后，柯南眼前的案件……变得眼熟了起来。
“这个在停电时用夜光标识的手法……不就是扑克牌杀人案里泽木公平用的吗？”
“只不过是从夜光指甲油变成了夜光胶带与夜光小刀——但是十神很聪明，停电也在他的预料之内……”他操控日向创调查夜视镜：“可惜凶手还是成功了。”
“呃……为什么{超高校级的保健委员}摔倒也会在线索里啊，感觉完全用不上……”
出了尸体所在的餐厅，柯南进入仓库，找到了停电的原因。
“同时开着空调和三台熨斗，所以造成了停电……这不是四井大小姐被杀案里、凶手一枝隆的手法吗？”
在此刻，柯南已经开始怀疑当时站得离案发现场最近的、能顺着台灯线摸到桌子边的狛枝凪斗——毕竟上一代也是与主角最亲近的朋友先动了手。
“趁着打扫的时候把小刀藏在那里，然后动手杀了用夜视镜发现他的十神吗……”柯南摸摸下巴：“但是，看那个尸检的伤口，凶器应该是那根失踪的铁签。”
——是掉进了地板的缝隙里？那封预告函似的信件也很令人在意……
虽然还有一些疑问，但{班级审判}的时间已经到了。
……
{班级审判}正式开始，随着其他同学补全了证据，案件也逐渐清晰……
“话说{超高校级的轻音社员}那个在黑暗中分清所有的声音并复述出来的技能很像和树呢——折原凌果然是在内涵他吧？”
吐槽了一句后，柯南成功进入第一个环节——锁定最大嫌疑人狛枝凪斗。
【日向创：“一起搜查的你……那么温和的你……竟然就是杀死十神的凶手……”】
狛枝凪斗抱住了脑袋，冷汗布满了额头：【嗯嗯……嗯嗯嗯唔唔唔唔……！】
——画面突然黑了下来。
“咦？这就要进处刑cG了？”柯南很疑惑：“可是凶器……”
【呵呵……哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈哈！】
眼睛已经变成凌乱线团的狛枝凪斗狂笑起来：【拥有超高校级才能的各位，合力面对同伴死亡的绝望！啊啊——多么出色和美好啊！】
柯南愣住了：“……啊？”
【日向创：他的眼睛……因为好几层黑暗交叠，让黑暗变得耀眼生辉……
日向创：就是那种……希望与绝望交错混合的眼睛。】
【狛枝凪斗：“对，这一切都是我做的！”】