孙中山眼见支持他的人员越来越多，于是自信心爆棚，更在黄埔公园大肆宴请国会议员，商讨召开国会问题。但是这个时候有一个尴尬的问题就是大部分国会议员还是站在段祺瑞那边的，所以来到福建的议员不足法定人数，不过没关系，反正都是他们说了算，当时决定模仿法国大革命前夕第三等级代表举行国民议会的先例，召开“国会非常会议”这个理由倒是冠冕堂皇。
立马这个非常国会举行开幕，由于大家都急着夺回属于自己的利益，所以很快就通过了《中华民国军政府组织大纲》13条，表明他们这个革命军政府完全是为了保护民国的胜利果实而组建的，堂而皇之在广州组织起了这个军政府，下设外交、内务、财政、陆军、海军、交通六部，麻雀虽小五脏俱全，可笑这个坐立在两广的中华民国军政府就这样在开始运作之前划分好了权力。
并且堂而皇之的说为了适应护法戡乱的战争需要，没有采纳《临临时约法》规定的内阁制，而采取中华革命党《革命方略》中提出的党、政、军权合一的大元帅制方案，实行军事、内政、外交合一的元首制，搞笑的是所谓的进步报纸纷纷为他们造势，鼓吹以孙中山为首的中华革命党人希望通过护法运动建立本党单独执政的资产阶级革命政权，为中华人民争取更美好的明天。
这般作法着实令冯庸反感，虽然北洋政府专制不假，但是段祺瑞等人能做实事呀！至少在他们手上，有力量维护统治区百姓的和平生活，并且北洋政府也是无时无刻不在为国家的强大绞尽脑汁，就比如这次对德宣战，本意很好，看准时机，准备夺回我国权益，可是以孙中山为首的人呢？是看不懂还是不愿懂，什么中华志士，为了争权夺利，百般阻挡对德宣战，生怕民国得到英美支持之后会强大起来对他们的日本主子产生威胁？
或者说是怕北洋政府彻底清除他们在民国的一席之地，口口声声为了民主、为了共和，可是欧美诸国的共和无一不是建立在国民利益之上，他们的共和为了什么，为了代表中国那顶部最有钱的那些人——大资产阶级还有那些野心家，为了用国家机器获得更多利益，呵呵！真正的资产阶级是那些在全国各地兴办企业的那些人，那群把振兴民族企业放在第一位的人，真正的共和的前提是让百姓吃饱饭，过上好生活。本来人家还能吃口饭，虽然日子艰难了一些，但也是一家人平安，可是他们这群所谓的革命斗士一来，如同一根巨大的搅屎棍，把他们那种平头小民的生活打破了就算了，他们的民军比起北洋军阀还厉害，抢光、杀光、奸光！都赶得上二战的日本人了，果然是一个主子教出来的。
9月1日非常国会选举孙中山为海陆军大元帅，陆荣廷和唐继尧为元帅。10日，孙中山宣誓就职。同日，非常国会通过了军政府各部总长名单，外交：伍廷芳，财政:唐绍仪，陆军：张开儒，海军：程璧光，内政：孙洪伊，交通：胡汉民，军政府参谋总长：李烈钧，大元帅府秘书长：章太炎。这种人事安排或许体现了中华革命党人主动与西南实力派以及国民党稳健派合组护法军政府的愿望。
或许他们中间有一些是真正的仁人志士，但是他们万万没想到自己等人只不过是配衬，主角是谁呢？是孙中山，一个只会叫喊着“上呀！同志们！”的嘴炮党，如果打赢了他就会装模做样出来表彰大家，接着摘桃子，但是输了呢？只会逃，逃得比谁都快！类似这种的事情都不知道发生了多少次了，而这次为什么他会有这样的勇气呢？那是因为他的背后站着东南与西南最大的两个军阀，占据两广的陆荣廷还有控制滇黔的唐继尧。
可这两人要的不是共和，陆荣廷想借着‘护法’的名义进攻湖南，达到控制东南、乃至华中的野心，而唐继尧就更明显了，人家都把西南当成自留地，手脚都伸进四川了，还用说？只是碍于情面不敢大肆进攻，有了‘护法’这个名义就不一样了，立马大军进犯，呵呵！
中华民国军政府的成立，标志着护法运动高潮的到来，也标志着南北对峙局面的形成，段祺瑞作为北洋领头人，继承袁世凯武力统一中国的衣钵，决心以北洋武力镇压西南护法，这样子就不打算善了，人家都欺负到头上了，是我，我都忍不了，于是十月，双方开战，护法战争爆发。
而此时的冯庸在干嘛呢？他难道不想接着这个机会扩大地盘吗？毕竟是打算用自己的力量带动中华崛起的人，这个机会不抓住岂不是浪费了，可是福建军队咱是还没训练好，他不是不想，而是无能为力呀！所以只能埋头看着别人吃肉，这种滋味难以述说，其实他也是想快速完成力量的组织，然后插手其中，这种热闹岂能不凑。
于是福建方面，八月底宣布福建陆军学院、海军学院、空军学院正式成立，至于福建大学早在八月半就开学了，毕竟不同于军事院校，有那么多均是设施需要完善。还有那个神秘的特殊作战学院只会在福建军队里招收学员，并不对外开放，毕竟这种险要的底蕴不适合太早暴露出来。
这三所军官学院的部分教官是德国柏林军事指挥学院请来的，其中大部还是各个武备学堂、陆军中学以及挖保定陆军学校的墙脚还有本来福州船政学堂的，北京南苑航空学校的人都差点跑空了，与此同时，还组织了部分人下部队创办随军学堂，战争时期，不能让所有军官回炉重造，冯庸还盼着他们早日训练好新军，出去抢地盘呢！这三所设施还是比较常规的，所以消费不大。