宋太祖时规定，所有被派往到边塞的将官，都要带随行医官负责防疫和健康。
元朝设立了民间的医户制度，医户是政府许可能从事医疗活动的民户，户籍由太医院管理，一旦发生瘟疫，医户要参加治疗。
清朝政府还设有“查痘章京”官职，专事痘疹的防疫检查。
清朝刊行的《海录》记载“凡有海艘回国，及各国船到本国，必先遣人查看有无出痘疮者，若有则不许入口，须待痘疮平愈，方得进港内。”
这说明中国医生当时已经认识到天花的急性感染患者为传染病源，并且建立了完整的天花检疫系统。
1688年，俄国是最早派医生来北平学习种痘及检痘法：“康熙时俄罗斯遣人至中国学痘医，由撒纳特衙门移会理藩院衙门，在京城肄业。”
中国的种痘术还传到日本、朝鲜和印度等邻国，通过国际交流，共同防治传染性性疾病。
饮食卫生和个人卫生不良会容易感染瘟疫是古人在实践中得来的经验。
秦汉时期的《汉律》规定“吏五日得以下沐，善休息以洗沐也”。
还有记载用佩兰等草药洗浴，可以防止疾病，保持健康。
提倡注意饮食的卫生，不食用变质的菜饭。
古人还注意到鼠类和不良食品可以传染疾病，提出“鼠涉饭中，捐而不食”，勿食生冷食物，不要食生鱼等劝告。
明代人已十分讲究饮水卫生，李时珍《本草纲目》专门有一个水部，其中说：“凡井水有远从地脉来者为上，有从近处江湖渗来者次之，其城市近沟渠污水杂入者成碱，用须煮滚。”这种对水质量的判断和分级是有一定科学道理的。
元代医家还建议保持口腔清洁，指出：“凡清旦刷牙不如夜刷牙，齿疾不生”。中国很多地区至今还保持着古代传下来的预防保健习惯，
如冬季进补，中药煲汤，南方的端午节饮菖蒲和雄黄酒等习惯，很多都同预防瘟疫有关。
通过环境卫生的改善以减少瘟疫的传播很早就受到了人们相当的重视。
秦汉时期就有建立人工湖和饮水池的记载，还认识到患病的动物和牲畜可以传染疾病，切不可让其污染水源。
秦国时规定不可随便放置垃圾，“弃灰于道着”要被处以罚款。当时城市内设有下水通道，管道多为陶制，逐节相连，可以排泄污水。
这种装置已经接近现代的下水道系统。
汉代时已有专门装粪便的容器和痰盂及厕所。当时城市里还设有公共厕所，称为“都厕”，供大家方便。
唐宋时期官方曾大力提倡种树以绿化环境，并设有严格法律“不得使有砍伐，致令死损”。
另外，在瘟疫流行期间古代人还用药物消毒的方法来预防疾病的感染和传播。
据秦代出土的竹简记载，凡来秦国入城的宾客入城时，其乘车和马具要经过火燎烟熏以消毒防疫。宋代还用艾蒿等药物驱赶蚊虫以防止瘟疫。
普及疾病知识加强医学教育是预防瘟疫的重要环节，各朝各代都十分重视。两千多年前成书的《黄帝内经素问》以对话的形式讲述了很多预防疾病的常识和方法。
唐朝的太医院相当于国立医院，设有医学、针灸、按摩等学科，另外还有地方的医学教育机构培养医生和防疫人员。当时还把瘟疫的预防知识和简单的药方刻录在石板上，放置于病坊、村坊和路边，以示民众，供紧急情况时使用。
南宋时期中国创办了最早的官立医科学校，培养各科医生。各朝代都对以前的医学药学书籍进行过整理和研究。
秦朝下令焚书时，医药书籍例外，保存了下来。
元代政府机构中有专人负责医书的整理和出版，同时还以书坊、书院、私宅刻书等多种出版形式。
中国历史上出现过多次“盛世修典”，而医药书籍毫无例外包含在修典之中。很多着名医药书籍都经过数代的再版和注释才能流传至今为今人所用。
中医百科全书《医宗金鉴》记载了接种人痘的详细理论和方法，此书传到日本后对人痘预防天花的普及起了重要作用。
瘟疫的流行不但影响民众的健康和生存，还会对社会、经济和生产带来巨大损失。所以，抗击瘟疫决不仅仅是单纯的防治疾病。
中国历史上很多朝代都实行过在大疫之年免税减租，减轻民众负担，重振生产和经济发展。
公元前67年，汉宣帝在瘟疫后下诏“其令君国被灾甚者，毋出今年租赋”。后来还有官方规定收成不到正常十分之四的家庭，政府予以补贴，中央政府通过地方政府将赈灾粮款发到灾民手中。
各个朝代都有过在发生大疫后，政府官员还到疫区巡视，安抚百姓，或开仓赈济，或派谴医生施药救之。地方官府办的“蕙民药局”也在地方抗瘟疫中起到十分重要的作用。
历史上每次大的瘟疫流行都会夺去无数人的生命，致使妻离子家破人亡，出现“万户萧条鬼唱歌”的悲惨状况。由于瘟疫的传染性，未经妥善安置的尸体将进一步传染疾病，危害家人和环境。
西汉时期，平帝曾下诏，按每家死于瘟疫的人数赐与不等的安葬费。
唐朝时期对瘟疫时期掩埋尸体十分重视，唐太宗曾派使者沿城巡行，发现尸骸迅速掩埋。
唐玄宗在大疫其间下令，死者尸体一定要家人掩埋，无人管者，由地方官负责安置。
唐文宗时规定，患瘟疫家庭留下来的遗孤，如不满是十二岁，一定要由亲属负责养育，官府提供两个月的口粮救济，孤儿名单要上报官府。这些措施和作法，不但是施行人道，保护生命，还起到了安定民心和社会的作用。
如上所述，中国古代是采用多种多样的方法来综合治理瘟疫的。
千百年来的抗疫实践证明这些古老的方法行之有效，即使在科学技术和信息技术高度发达的现代社会，预防现代瘟疫使用的方法仍然大同小异。